bp_bin/find_mids

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find and count MID tags in sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 mids = %w{ ACGAGTGCGT ACGCTCGACA AGACGCACTC AGCACTGTAG ATCAGACACG
  36            ATATCGCGAG CGTGTCTCTA CTCGCGTGTC TAGTATCAGC TCTCTATGCG
  37            TGATACGTCT TACTGAGCTA CATAGTAGTG CGAGAGATAC ATACGACGTA
  38            TCACGTACTA CGTCTAGTAC TCTACGTAGC TGTACTACTC ACGACTACAG
  39            CGTAGACTAG TACGAGTATG TACTCTCGTG TAGAGACGAG TCGTCGCTCG
  40            ACATACGCGT ACGCGAGTAT ACTACTATGT ACTGTACAGT AGACTATACT
  41            AGCGTCGTCT AGTACGCTAT ATAGAGTACT CACGCTACGT CAGTAGACGT
  42            CGACGTGACT TACACACACT TACACGTGAT TACAGATCGT TACGCTGTCT
  43            TAGTGTAGAT TCGATCACGT TCGCACTAGT TCTAGCGACT TCTATACTAT
  44            TGACGTATGT TGTGAGTAGT ACAGTATATA ACGCGATCGA ACTAGCAGTA
  45            AGCTCACGTA AGTATACATA AGTCGAGAGA AGTGCTACGA CGATCGTATA
  46            CGCAGTACGA CGCGTATACA CGTACAGTCA CGTACTCAGA CTACGCTCTA
  47            CTATAGCGTA TACGTCATCA TAGTCGCATA TATATATACA TATGCTAGTA
  48            TCACGCGAGA TCGATAGTGA TCGCTGCGTA TCTGACGTCA TGAGTCAGTA
  49            TGTAGTGTGA TGTCACACGA TGTCGTCGCA ACACATACGC ACAGTCGTGC
  50            ACATGACGAC ACGACAGCTC ACGTCTCATC ACTCATCTAC ACTCGCGCAC
  51            AGAGCGTCAC AGCGACTAGC AGTAGTGATC AGTGACACAC AGTGTATGTC
  52            ATAGATAGAC ATATAGTCGC ATCTACTGAC CACGTAGATC CACGTGTCGC
  53            CATACTCTAC CGACACTATC CGAGACGCGC CGTATGCGAC CGTCGATCTC
  54            CTACGACTGC CTAGTCACTC CTCTACGCTC CTGTACATAC TAGACTGCAC
  55            TAGCGCGCGC TAGCTCTATC TATAGACATC TATGATACGC TCACTCATAC
  56            TCATCGAGTC TCGAGCTCTC TCGCAGACAC TCTGTCTCGC TGAGTGACGC
  57            TGATGTGTAC TGCTATAGAC TGCTCGCTAC ACGTGCAGCG ACTCACAGAG
  58            AGACTCAGCG AGAGAGTGTG AGCTATCGCG AGTCTGACTG AGTGAGCTCG
  59            ATAGCTCTCG ATCACGTGCG ATCGTAGCAG ATCGTCTGTG ATGTACGATG
  60            ATGTGTCTAG CACACGATAG CACTCGCACG CAGACGTCTG CAGTACTGCG
  61            CGACAGCGAG CGATCTGTCG CGCGTGCTAG CGCTCGAGTG CGTGATGACG
  62            CTATGTACAG CTCGATATAG CTCGCACGCG CTGCGTCACG CTGTGCGTCG
  63            TAGCATACTG TATACATGTG TATCACTCAG TATCTGATAG TCGTGACATG
  64            TCTGATCGAG TGACATCTCG TGAGCTAGAG TGATAGAGCG TGCGTGTGCG
  65            TGCTAGTCAG TGTATCACAG TGTGCGCGTG ACACGACGAC ACACGTAGTA
  66            ACACTACTCG ACGACACGTA ACGAGTAGAC ACGCGTCTAG ACGTACACAC
  67            ACGTACTGTG ACGTAGATCG ACTACGTCTC ACTATACGAG ACTCGCGTCG
  68 }
  69
  70
  71 count_hash = Hash.new { |hash, key| hash[key] = 0 }
  72 mid_hash   = {}
  73
  74 mids.each_with_index do |mid, i|
  75   mid_hash[mid] = true
  76 end
  77
  78 casts = []
  79
  80 bp = Biopieces.new
  81
  82 options = bp.parse(ARGV, casts)
  83
  84 bp.each_record do |record|
  85   if record.has_key? :SEQ
  86     tag = record[:SEQ][4 ... 14].upcase
  87
  88     if mid_hash.has_key? tag
  89       count_hash[tag] += 1
  90     end
  91   end
  92   bp.puts record
  93 end
  94
  95 mids.each_with_index do |mid, i|
  96   if count_hash[mid] > 0
  97     record = {}
  98     record[:REC_TYPE]  = "MID"
  99     record[:MID_NUM]   = i + 1
 100     record[:MID_COUNT] = count_hash[mid]
 101     record[:MID_SEQ]   = mid
 102     bp.puts record
 103   end
 104 end
 105
 106 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 107
 108
 109 __END__