bp_bin/find_genes

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find genes in sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Filesys;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_out, $fh_in, $entry, $chunk, @lines, $line, $s_id, $type, $s_beg, $s_end, $strand, @fields, $def,
  41     @commands, $command );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'full', short => 'f', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  53 $tmp_file = "$tmp_dir/tmp.seq";
  54 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  59         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  63 }
  64
  65 close $fh_out;
  66
  67 push @commands, "-c" if $options->{ 'full' };
  68 push @commands, "< $tmp_file > $tmp_file.out";
  69 push @commands, "2> /dev/null" unless $options->{ 'verbose' };
  70
  71 $command = join " ",  @commands;
  72
  73 Maasha::Common::run( "prodigal", $command );
  74
  75 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( "$tmp_file.out" );
  76
  77 $/ = "//\n";
  78
  79 while ( $chunk = <$fh_in> )
  80 {
  81     chomp $chunk;
  82
  83     @lines = split /\n/, $chunk;
  84
  85     $line = shift @lines;
  86
  87     if ( $line =~ /^DEFINITION\s+(.+)/ )
  88     {
  89         $def  = $1;
  90
  91         if ( $def =~ /seqhdr="([^"]+)"/ ) {
  92             $s_id = $1;
  93         } else {
  94             Maasha::Common::error( qq(BAD sequence header: $def) );
  95         }
  96
  97         $line = shift @lines;
  98
  99         if ( $line =~ /^FEATURES/ )
 100         {
 101             foreach $line ( @lines )
 102             {
 103                 next if $line =~ /.+\//;
 104
 105                 @fields = split " ", $line;
 106
 107                 $type   = $fields[ 0 ];
 108
 109                 if ( $fields[ 1 ] =~ /complement/ ) {
 110                     $strand = "-";
 111                 } else {
 112                     $strand = "+";
 113                 }
 114
 115                 if ( $fields[ 1 ] =~ /(\d+)\.\.>?(\d+)/ )
 116                 {
 117                     $s_beg = $1;
 118                     $s_end = $2;
 119                 }
 120                 else
 121                 {
 122                     Maasha::Common::error( qq(BAD locator: $line) );
 123                 }
 124
 125                 $record = {
 126                     S_ID   => $s_id,
 127                     S_BEG  => $s_beg - 1,
 128                     S_END  => $s_end - 1,
 129                     Q_ID   => $type,
 130                     STRAND => $strand,
 131                 };
 132
 133                 Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 134             }
 135         }
 136         else
 137         {
 138             Maasha::Common::error( qq(BAD feature: $line) );
 139         }
 140     }
 141     else
 142     {
 143         Maasha::Common::error( qq(BAD definition: $line) );
 144     }
 145 }
 146
 147 close $fh_in;
 148
 149 $/ = "\n";
 150
 151 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 152 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 153
 154
 155 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 156
 157
 158 BEGIN
 159 {
 160     Maasha::Biopieces::status_set();
 161 }
 162
 163
 164 END
 165 {
 166     Maasha::Biopieces::status_log();
 167 }
 168
 169
 170 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 171
 172
 173 __END__