bp_bin/extract_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split the values of a key into new key/value pairs.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, @vals, $i );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'key',     short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'keys',    short => 'K', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'delimit', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no',  default => '_',   allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     if ( exists $options->{ 'key' } and exists $record->{ $options->{ 'key' } } )
  52     {
  53         @vals = split /$options->{ 'delimit' }/, $record->{ $options->{ 'key' } };
  54
  55         if ( scalar @vals > 1 )
  56         {
  57             for ( $i = 0; $i < @vals; $i++ )
  58             {
  59                 if ( defined $options->{ "keys" } and defined $options->{ "keys" }->[ $i ] ) {
  60                     $record->{ $options->{ "keys" }->[ $i ] } = $vals[ $i ];
  61                 } else {
  62                     $record->{ $options->{ 'key' } . "_$i" } = $vals[ $i ];
  63                 }
  64             }
  65         }
  66     }
  67
  68     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69 }
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 BEGIN
  76 {
  77     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  78
  79     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  80 }
  81
  82
  83 END
  84 {
  85     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  86     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  87
  88     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  89
  90     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  91 }
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 __END__
  98