bp_bin/extract_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Split the values of a key into new key/value pairs.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, $beg, $end, $len );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'beg', short => 'b', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'end', short => 'e', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'len', short => 'l', type => 'uint', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 if ( not defined $options->{ "beg" } or $options->{ "beg" } < 0 ) {
  50     $beg = 0;
  51 } else {
  52     $beg = $options->{ "beg" } - 1;   # correcting for start offset
  53 }
  54
  55 if ( defined $options->{ "end" } and $options->{ "end" } - 1 < $beg ) {
  56     $end = $beg - 1;
  57 } elsif ( defined $options->{ "end" } ) {
  58     $end = $options->{ "end" } - 1;   # correcting for start offset
  59 }
  60
  61 $len = $options->{ "len" };
  62
  63 #    print "beg->$beg,  end->$end,  len->$len\n";
  64
  65 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  66 {
  67     if ( $record->{ "SEQ" } )
  68     {
  69         if ( defined $beg and defined $end )
  70         {
  71             if ( $end - $beg + 1 > length $record->{ "SEQ" } ) {
  72                 $record->{ "SEQ" } = substr $record->{ "SEQ" }, $beg;
  73             } else {
  74                 $record->{ "SEQ" } = substr $record->{ "SEQ" }, $beg, $end - $beg + 1;
  75             }
  76         }
  77         elsif ( defined $beg and defined $len )
  78         {
  79             if ( $len > length $record->{ "SEQ" } ) {
  80                 $record->{ "SEQ" } = substr $record->{ "SEQ" }, $beg;
  81             } else {
  82                 $record->{ "SEQ" } = substr $record->{ "SEQ" }, $beg, $len;
  83             }
  84         }
  85         elsif ( defined $beg )
  86         {
  87             $record->{ "SEQ" } = substr $record->{ "SEQ" }, $beg;
  88         }
  89
  90         $record->{ "SEQ_LEN" } = length $record->{ "SEQ" };
  91     }
  92
  93     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  94 }
  95
  96 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  97 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 BEGIN
 104 {
 105     Maasha::Biopieces::status_set();
 106 }
 107
 108
 109 END
 110 {
 111     Maasha::Biopieces::status_log();
 112 }
 113
 114
 115 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 116
 117
 118 __END__