bp_bin/digest_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Splits sequences in the stream at a given restriction enzyme's cleavage points.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'fasta'
  34 require 'seq'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'pattern', :short=>'p', :type=>'string', :mandatory=>true, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'cut_pos', :short=>'c', :type=>'int',    :mandatory=>true, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39
  40 bp = Biopieces.new
  41
  42 options = bp.parse(ARGV, casts)
  43
  44 bp.each_record do |record|
  45   bp.puts record
  46
  47   if record.has_key? :SEQ_NAME and record.has_key? :SEQ
  48     seq    = Seq.new(record[:SEQ_NAME], record[:SEQ])
  49     digest = Digest.new(seq, options[:pattern].to_s, options[:cut_pos])
  50
  51     digest.each do |subseq|
  52       new_record            = subseq.to_bp
  53       new_record[:REC_TYPE] = "DIGEST"
  54       bp.puts new_record
  55     end
  56   end
  57 end
  58
  59
  60 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  61
  62
  63 __END__