bp_bin/create_weight_matrix

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a residue composition weight matrix of an alignment in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $count, $i, $res, %freq_hash, %res_hash, $freq );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'percent', short => 'p', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 $count = 0;
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  51 {
  52     if ( $record->{ "SEQ" } )
  53     {
  54         for ( $i = 0; $i < length $record->{ "SEQ" }; $i++ )
  55         {
  56             $res = substr $record->{ "SEQ" }, $i, 1;
  57
  58             $freq_hash{ $i }{ $res }++;
  59             $res_hash{ $res } = 1;
  60         }
  61
  62         $count++;
  63     }
  64     else
  65     {
  66         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  67     }
  68 }
  69
  70 foreach $res ( sort keys %res_hash )
  71 {
  72     undef $record;
  73
  74     $record->{ "V0" } = $res;
  75
  76     for ( $i = 0; $i < keys %freq_hash; $i++ )
  77     {
  78         $freq = $freq_hash{ $i }{ $res } || 0;
  79
  80         if ( $options->{ "percent" } ) {
  81             $freq = sprintf( "%.0f", 100 * $freq / $count ) if $freq > 0;
  82         }
  83
  84         $record->{ "V" . ( $i + 1 ) } = $freq;
  85     }
  86
  87     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  88 }
  89
  90 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  91 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 BEGIN
  98 {
  99     Maasha::Biopieces::status_set();
 100 }
 101
 102
 103 END
 104 {
 105     Maasha::Biopieces::status_log();
 106 }
 107
 108
 109 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 110
 111
 112 __END__