bp_bin/create_vmatch_index

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a Vmatch index from sequences in stream for use with [vmatch_seq].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Seq;
  34 use Maasha::Fasta;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $default, $formats, $options, $in, $out, $record, $file_tmp, $fh_tmp, $type, $entry );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'no_stream',     short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'index_name',    short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'prefix_length', short => 'p', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 $file_tmp = $options->{ 'index_name' };
  54 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $file_tmp );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  59     {
  60         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
  61
  62         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not defined $type;
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  66 }
  67
  68 close $fh_tmp;
  69
  70 if ( $type eq "protein" ) {
  71     Maasha::Common::run( "mkvtree", "-db $file_tmp -protein -pl $options->{ 'prefix_length' } -allout -indexname $file_tmp > /dev/null 2>&1" );
  72 } else {
  73     Maasha::Common::run( "mkvtree", "-db $file_tmp -dna -pl $options->{ 'prefix_length' } -allout -indexname $file_tmp > /dev/null 2>&1" );
  74 }
  75
  76 unlink $file_tmp;
  77
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 BEGIN
  83 {
  84     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  85
  86     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  87 }
  88
  89 END
  90 {
  91     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  92     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  93
  94     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  95
  96     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  97 }
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 __END__
 104
 105