]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/create_vmatch_index
added new Biopiece merge_pair_seq
[biopieces.git] / bp_bin / create_vmatch_index
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # Create a Vmatch index from sequences in stream for use with [vmatch_seq].
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Maasha::Common;
32 use Maasha::Biopieces;
33 use Maasha::Filesys;
34 use Maasha::Seq;
35 use Maasha::Fasta;
36
37
38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
39
40
41 my ( $default, $formats, $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $file_tmp, $fh_tmp, $type, $entry );
42
43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
44     [
45         { long => 'no_stream',     short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
46         { long => 'index_name',    short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
47     ]   
48 );
49
50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
52
53 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
54 $file_tmp = "$tmp_dir/create_vmatch_index.seq";
55 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $file_tmp );
56
57 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
58 {
59     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
60     {
61         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
62
63         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not defined $type;
64     }
65
66     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
67 }
68
69 close $fh_tmp;
70
71 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
72     Maasha::Common::run( "mkvtree", "-db $file_tmp -" . ( lc $type ) . " -pl -allout -indexname $options->{ 'index_name' }" );
73 } else {
74     Maasha::Common::run( "mkvtree", "-db $file_tmp -" . ( lc $type ) . " -pl -allout -indexname $options->{ 'index_name' } > /dev/null 2>&1" );
75 }
76
77 unlink $file_tmp;
78 Maasha::Filesys::dir_remove( $tmp_dir );
79
80 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
81 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
82
83
84 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
85
86
87 BEGIN
88 {
89     Maasha::Biopieces::status_set();
90 }
91
92
93 END
94 {
95     Maasha::Biopieces::status_log();
96 }
97
98
99 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
100
101
102 __END__