bp_bin/create_bwa_index

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a BWA index from sequences in stream for use with [bwa_seq].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Fasta;
  35 use Maasha::BWA;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $default, $formats, $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $file_tmp, $fh_tmp, $entry );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'directory',  short => 'd', type => 'dir',    mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'index_name', short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 Maasha::Common::error( qq(Directory already exists: "$options->{ 'directory' }") ) if -d $options->{ 'directory' };
  52
  53 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $options->{ 'directory' } );
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  59 $file_tmp = "$tmp_dir/create_bwa_index.seq";
  60 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $file_tmp );
  61
  62 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  63 {
  64     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  65         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
  66     }
  67
  68     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  69 }
  70
  71 close $fh_tmp;
  72
  73 Maasha::BWA::bwa_index( $file_tmp, $options->{ 'directory' }, $options->{ 'index_name' }, $options->{ 'verbose' } );
  74
  75 unlink $file_tmp;
  76
  77 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 BEGIN
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_set();
  87 }
  88
  89
  90 END
  91 {
  92     Maasha::Biopieces::status_log();
  93 }
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__