bp_bin/create_bowtie_index

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a Bowtie index from sequences in stream for use with [bowtie_seq].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Fasta;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $default, $formats, $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $file_tmp, $fh_tmp, $entry );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'directory',  short => 'd', type => 'dir',    mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'index_name', short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 Maasha::Common::error( qq(Directory already exists: "$options->{ 'directory' }") ) if -d $options->{ 'directory' };
  51
  52 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $options->{ 'directory' } );
  53
  54 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  55 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  56
  57 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  58 $file_tmp = "$tmp_dir/create_bowtie_index.seq";
  59 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $file_tmp );
  60
  61 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  62 {
  63     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  64         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
  65     }
  66
  67     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  68 }
  69
  70 close $fh_tmp;
  71
  72 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $options->{ 'directory' } );
  73
  74 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
  75     Maasha::Common::run( "bowtie-build", "$file_tmp $options->{ 'directory' }/$options->{ 'index_name' }" );
  76 } else {
  77     Maasha::Common::run( "bowtie-build", "$file_tmp $options->{ 'directory' }/$options->{ 'index_name' } > /dev/null 2>&1" );
  78 }
  79
  80 unlink $file_tmp;
  81
  82 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  83 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  84
  85
  86 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  87
  88
  89 BEGIN
  90 {
  91     Maasha::Biopieces::status_set();
  92 }
  93
  94
  95 END
  96 {
  97     Maasha::Biopieces::status_log();
  98 }
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 __END__