bp_bin/create_blast_index

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a BLAST database from sequences in stream for use with [blast_seq].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Seq;
  32 use Maasha::Fasta;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $file_tmp, $fh_tmp, $entry, $seq_type, $arg );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'directory',  short => 'd', type => 'dir',    mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'index_name', short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  53 $file_tmp = "$tmp_dir/$options->{ 'index_name' }";
  54 $fh_tmp   = Maasha::Filesys::file_write_open( $file_tmp );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  59     {
  60         $seq_type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $seq_type;
  61
  62         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_tmp );
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  66 }
  67
  68 close $fh_tmp;
  69
  70 $arg = "-t $options->{ 'index_name' }";
  71
  72 if ( $seq_type eq "PROTEIN" ) {
  73     $arg .= " -p T";
  74 } else {
  75     $arg .= " -p F";
  76 }
  77
  78 $arg .= " -i $file_tmp";
  79
  80 if ( $options->{ 'verbose' } )
  81 {
  82     print STDERR "Running: formatdb $arg\n";
  83
  84     Maasha::Common::run( "formatdb", "$arg" );
  85 }
  86 else
  87 {
  88     Maasha::Common::run( "formatdb", "$arg -l /dev/null" );
  89 }
  90
  91 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $options->{ 'directory' } );
  92
  93 unlink $file_tmp;
  94
  95 system( "cp $tmp_dir/* $options->{ 'directory' }" );
  96
  97 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  98 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 BEGIN
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_set();
 107 }
 108
 109
 110 END
 111 {
 112     Maasha::Biopieces::status_log();
 113 }
 114
 115
 116 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 117
 118
 119 __END__