bp_bin/create_blast_db

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a BLAST database from sequences in stream for use with [blast_seq].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Seq;
  31 use Maasha::Fasta;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $fh, $entry, $seq_type, $path );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'database',  short => 'd', type => 'file', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 $path = $options->{ "database" };
  51
  52 $fh = Maasha::Common::write_open( $path );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  57
  58     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  59     {
  60         $seq_type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $seq_type;
  61
  62         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh );
  63     }
  64 }
  65
  66 close $fh;
  67
  68 if ( $seq_type eq "protein" ) {
  69     Maasha::Common::run( "formatdb", "-p T -i $path -t $options->{ 'database' } -l /dev/null" );
  70 } else {
  71     Maasha::Common::run( "formatdb", "-p F -i $path -t $options->{ 'database' } -l /dev/null" );
  72 }
  73
  74 unlink $path;
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 BEGIN
  81 {
  82     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  83
  84     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  85 }
  86
  87 END
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  90     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  91
  92     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  93
  94     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  95 }
  96
  97
  98 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  99
 100
 101 __END__
 102