bp_bin/create_blast_db

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a BLAST database from sequences in stream for use with [blast_seq].
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Seq;
  32 use Maasha::Fasta;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $fh, $entry, $seq_type, $path );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'database',  short => 'd', type => 'file', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 $path = $options->{ "database" };
  52
  53 $fh = Maasha::Common::write_open( $path );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  58
  59     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  60     {
  61         $seq_type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $seq_type;
  62
  63         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh );
  64     }
  65 }
  66
  67 close $fh;
  68
  69 if ( $seq_type eq "protein" ) {
  70     Maasha::Common::run( "formatdb", "-p T -i $path -t $options->{ 'database' } -l /dev/null" );
  71 } else {
  72     Maasha::Common::run( "formatdb", "-p F -i $path -t $options->{ 'database' } -l /dev/null" );
  73 }
  74
  75 unlink $path;
  76
  77 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 BEGIN
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_set();
  87 }
  88
  89
  90 END
  91 {
  92     Maasha::Biopieces::status_log();
  93 }
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__