bp_bin/count_records

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Count the number of records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Fasta;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $data_out, $count, $result, $line );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 $data_out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  50
  51 $count = 0;
  52
  53 if ( $options->{ "no_stream" } )
  54 {
  55     while ( $line = <$in> )
  56     {
  57         chomp $line;
  58
  59         $count++ if $line eq "---";
  60     }
  61 }
  62 else
  63 {
  64     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  65     {
  66         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  67
  68         $count++;
  69     }
  70 }
  71
  72 $result = { "RECORDS_COUNT" => $count };
  73
  74 Maasha::Biopieces::put_record( $result, $data_out );
  75
  76 close $data_out;
  77
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 BEGIN
  83 {
  84     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  85
  86     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  87 }
  88
  89 END
  90 {
  91     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  92     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  93
  94     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  95
  96     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  97 }
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 __END__