bp_bin/compute

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Performs computations on records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $eval_key, @keys, $eval_val );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'eval',   short => 'e', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'format', short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  51 {
  52     if ( $options->{ "eval" } =~ /^(\S+)\s*=\s*(.+)$/ )
  53     {
  54         $eval_key = $1;
  55         $eval_val = $2;
  56
  57         if ( not @keys )
  58         {
  59             @keys = split /\s+|\+|-|\*|\/|\*\*/, $eval_val;
  60
  61             @keys = grep { exists $record->{ $_ } } @keys;
  62         }
  63
  64         map { $eval_val =~ s/\Q$_\E/$record->{ $_ }/g } @keys;
  65
  66         $record->{ $eval_key } = eval "$eval_val";
  67         Maasha::Common::error( qq(eval "$eval_key = $eval_val" failed -> $@) ) if $@;
  68         $record->{ $eval_key } = sprintf( $options->{ 'format' }, $record->{ $eval_key } ) if $options->{ 'format' };
  69     }
  70     else
  71     {
  72         Maasha::Common::error( qq(Bad compute expression: "$options->{ 'eval' }"\n) );
  73     }
  74
  75     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  76 }
  77
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  79 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  80
  81
  82 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  83
  84
  85 BEGIN
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_set();
  88 }
  89
  90
  91 END
  92 {
  93     Maasha::Biopieces::status_log();
  94 }
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__