bp_bin/compute

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Performs computations on records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $eval_key, @keys, $eval_val );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'eval', short => 'e', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $options->{ "eval" } =~ /^(\S+)\s*=\s*(.+)$/ )
  51     {
  52         $eval_key = $1;
  53         $eval_val = $2;
  54
  55         if ( not @keys )
  56         {
  57             @keys = split /\s+|\+|-|\*|\/|\*\*/, $eval_val;
  58
  59             @keys = grep { exists $record->{ $_ } } @keys;
  60         }
  61
  62         map { $eval_val =~ s/\Q$_\E/$record->{ $_ }/g } @keys;
  63
  64         $record->{ $eval_key } = eval "$eval_val";
  65         Maasha::Common::error( qq(eval "$eval_key = $eval_val" failed -> $@) ) if $@;
  66     }
  67     else
  68     {
  69         Maasha::Common::error( qq(Bad compute expression: "$options->{ 'eval' }"\n) );
  70     }
  71
  72     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  73 }
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 BEGIN
  80 {
  81     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  82
  83     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  84 }
  85
  86 END
  87 {
  88     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  89     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  90
  91     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  92
  93     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  94 }
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__