bp_bin/complement_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Uppercases sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Seq;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $type );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  43
  44 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  45 {
  46     if ( $record->{ "SEQ" } )
  47     {
  48         if ( not $type ) {
  49             $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ "SEQ" } );
  50         }
  51
  52         if ( $type eq "rna" ) {
  53             Maasha::Seq::rna_comp( \$record->{ "SEQ" } );
  54         } elsif ( $type eq "dna" ) {
  55             Maasha::Seq::dna_comp( \$record->{ "SEQ" } );
  56         }
  57     }
  58
  59     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  60 }
  61
  62
  63 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  64 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  65
  66
  67 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  68
  69
  70 BEGIN
  71 {
  72     Maasha::Biopieces::status_set();
  73 }
  74
  75
  76 END
  77 {
  78     Maasha::Biopieces::status_log();
  79 }
  80
  81
  82 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  83
  84
  85 __END__