]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/clip_adaptor
added titles to plot_scores
[biopieces.git] / bp_bin / clip_adaptor
1 #!/usr/bin/env ruby
2
3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
22
23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
24
25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
26
27 # Clip adaptor sequences in the stream based on ADAPTOR_POS key.
28
29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
30
31
32 require 'biopieces'
33
34 casts = []
35
36 bp = Biopieces.new
37
38 options = bp.parse(ARGV, casts)
39
40 bp.each_record do |record|
41   if record.has_key? :SEQ and record.has_key? :ADAPTOR_POS
42     record[:SEQ]     = record[:SEQ][0 ... record[:ADAPTOR_POS].to_i]
43     record[:SCORES]  = record[:SCORES][0 ... record[:ADAPTOR_POS].to_i] if record[:SCORES]
44     record[:SEQ_LEN] = record[:SEQ].length
45   end
46
47   bp.puts record
48 end
49
50
51 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
52
53
54 __END__