bp_bin/calc_fixedstep

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Calculate fixedstep entries from records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::UCSC::BED;
  33 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $bed_file, $fh_in, $fh_out,
  40      $file_hash, $chr, $bed_entry, $fixedstep_file, $fixedstep_entry );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'check', short => 'C', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  52
  53 $bed_file = "$tmp_dir/calc_fixedstep.bed";
  54 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $bed_file );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::biopiece2bed( $record ) ) {
  59         Maasha::UCSC::BED::bed_entry_put( $bed_entry, $fh_out, undef, $options->{ 'check' } );
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  63 }
  64
  65 close $fh_out;
  66
  67 $file_hash = Maasha::UCSC::BED::bed_file_split_on_chr( $bed_file, $tmp_dir );
  68
  69 unlink $bed_file;
  70
  71 foreach $chr ( sort keys %{ $file_hash } )
  72 {
  73     $bed_file       = $file_hash->{ $chr };
  74
  75     $fixedstep_file = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_calc( $bed_file, $chr, $options->{ 'use_score' }, $options->{ 'use_log10' } );
  76
  77     #$fixedstep_file = "$bed_file.fixedstep";
  78
  79     # Maasha::Common::run( "bed2fixedstep", "< $bed_file > $fixedstep_file" );
  80
  81     $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $fixedstep_file );
  82
  83     while ( $fixedstep_entry = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_entry_get( $fh_in ) )
  84     {
  85         if ( $record = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep2biopiece( $fixedstep_entry ) ) {
  86             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  87         }
  88     }
  89
  90     close $fh_in;
  91
  92     unlink $bed_file;
  93     unlink $fixedstep_file;
  94 }
  95
  96 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  97 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 BEGIN
 104 {
 105     Maasha::Biopieces::status_set();
 106 }
 107
 108
 109 END
 110 {
 111     Maasha::Biopieces::status_log();
 112 }
 113
 114
 115 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 116
 117
 118 __END__