bp_bin/calc_fixedstep

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Calculate fixedstep entries from records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::UCSC::BED;
  34 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $bed_file, $fh_in, $fh_out,
  41      $file_hash, $chr, $bed_entry, $fixedstep_file, $fixedstep_entry );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'check',     short => 'C', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'use_score', short => 'u', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'use_log10', short => 'l', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  55
  56 $bed_file = "$tmp_dir/calc_fixedstep.bed";
  57 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $bed_file );
  58
  59 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  60 {
  61     if ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::biopiece2bed( $record ) ) {
  62         Maasha::UCSC::BED::bed_entry_put( $bed_entry, $fh_out, undef, $options->{ 'check' } );
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  66 }
  67
  68 close $fh_out;
  69
  70 $file_hash = Maasha::UCSC::BED::bed_file_split_on_chr( $bed_file, $tmp_dir );
  71
  72 unlink $bed_file;
  73
  74 foreach $chr ( sort keys %{ $file_hash } )
  75 {
  76     $bed_file       = $file_hash->{ $chr };
  77
  78     $fixedstep_file = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_calc( $bed_file, $chr, $options->{ 'use_score' }, $options->{ 'use_log10' } );
  79
  80     #$fixedstep_file = "$bed_file.fixedstep";
  81
  82     # Maasha::Common::run( "bed2fixedstep", "< $bed_file > $fixedstep_file" );
  83
  84     $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $fixedstep_file );
  85
  86     while ( $fixedstep_entry = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_entry_get( $fh_in ) )
  87     {
  88         if ( $record = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep2biopiece( $fixedstep_entry ) ) {
  89             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  90         }
  91     }
  92
  93     close $fh_in;
  94
  95     unlink $bed_file;
  96     unlink $fixedstep_file;
  97 }
  98
  99 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 100 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 101
 102
 103 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 104
 105
 106 BEGIN
 107 {
 108     Maasha::Biopieces::status_set();
 109 }
 110
 111
 112 END
 113 {
 114     Maasha::Biopieces::status_log();
 115 }
 116
 117
 118 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 119
 120
 121 __END__