bp_bin/calc_bit_scores

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Calculate the bit score for each position based on an alignment in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Seq;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $count, $i, $res, $type, $bit_max, %freq_hash, $bit_height, $bit_diff );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  43
  44 $count = 0;
  45
  46 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  47 {
  48     if ( $record->{ "SEQ" } )
  49     {
  50         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ "SEQ" } ) if not $type;
  51
  52         for ( $i = 0; $i < length $record->{ "SEQ" }; $i++ )
  53         {
  54             $res = substr $record->{ "SEQ" }, $i, 1;
  55
  56             next if $res =~ /-|_|~|\./;
  57
  58             $freq_hash{ $i }{ $res }++;
  59         }
  60
  61         $count++;
  62     }
  63     else
  64     {
  65         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  66     }
  67 }
  68
  69 undef $record;
  70
  71 if ( $type eq "protein" ) {
  72     $bit_max = 4;
  73 } else {
  74     $bit_max = 2;
  75 }
  76
  77 for ( $i = 0; $i < keys %freq_hash; $i++ )
  78 {
  79     $bit_height = Maasha::Seq::seqlogo_calc_bit_height( $freq_hash{ $i }, $count );
  80
  81     $bit_diff = $bit_max - $bit_height;
  82
  83     $record->{ "V" . ( $i ) } = sprintf( "%.2f", $bit_diff );
  84 }
  85
  86 Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  87
  88
  89 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  90
  91
  92 BEGIN
  93 {
  94     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  95
  96     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  97 }
  98
  99 END
 100 {
 101     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 102     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 103
 104     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 105
 106     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 107 }
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 __END__
 114
 115