bp_bin/calc_N50

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 #arg!
   4
   5 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   6
   7 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
  10 # of the License, or (at your option) any later version.
  11
  12 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15 # GNU General Public License for more details.
  16
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  18 # along with this program; if not, write to the Free Software
  19 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  20
  21 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  22
  23 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  24
  25 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  26
  27 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  28
  29 # Calculate n50 for sequences in the stream.
  30
  31 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  32
  33
  34 require 'biopieces'
  35 require 'pp'
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40
  41 bp = Biopieces.new
  42
  43 options = bp.parse(ARGV, casts)
  44
  45 total   = 0
  46 lengths = []
  47
  48 bp.each_record do |record|
  49   bp.puts record unless options[:no_stream]
  50
  51   if record.has_key? :SEQ
  52     total   += record[:SEQ].length
  53     lengths << record[:SEQ].length
  54   end
  55 end
  56
  57 bp.out = Stream.write(options[:data_out])
  58
  59 count = 0
  60
  61 lengths.sort.reverse.each do |length|
  62   count += length
  63
  64   if count >= total * 0.50
  65     bp.puts "N50" => length
  66     break
  67   end
  68 end
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 __END__