bp_bin/calc_N50

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Calculate n50 for sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 total   = 0
  41 lengths = []
  42
  43 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  44   input.each_record do |record|
  45     output.puts record unless options[:no_stream]
  46
  47     if record.has_key? :SEQ
  48       total   += record[:SEQ].length
  49       lengths << record[:SEQ].length
  50     end
  51   end
  52 end
  53
  54 new_record = {}
  55 count      = 0
  56
  57 lengths.sort.reverse.each do |length|
  58   count += length
  59
  60   if count >= total * 0.50
  61     new_record["N50"] = length
  62     break
  63   end
  64 end
  65
  66 Biopieces.open(nil, options[:data_out]) do |input, output|
  67   output.puts new_record
  68 end
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 __END__