bp_bin/bwa_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Use BWA to map sequences in the stream against a specified genome or index.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Common;
  34 use Maasha::Fastq;
  35 use Maasha::SAM;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $index, $tmp_dir, $tmp_fq, $tmp_sai, $tmp_sam, $fh_in, $fh_out, $record, $entry, $line, @fields, $type, @args, $arg );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'genome',      short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef,     disallowed => undef },
  46         { long => 'index_name',  short => 'i', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef,     disallowed => undef },
  47         { long => 'mismatches',  short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,     allowed => "0,1,2,3", disallowed => undef },
  48         { long => 'max_hits',    short => 'h', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef,     disallowed => 0     },
  49         { long => 'cpus',        short => 'c', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 1,     allowed => undef,     disallowed => 0     },
  50     ]
  51 );
  52
  53 Maasha::Common::error( qq(both --index_name and --genome specified) ) if     $options->{ "genome" } and     $options->{ "index_name" };
  54 Maasha::Common::error( qq(no --index_name or --genome specified) )    if not $options->{ "genome" } and not $options->{ "index_name" };
  55
  56 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  57 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  58
  59 if ( defined $options->{ 'genome' } ) {
  60     $index = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/bwa/$options->{ 'genome' }";
  61 } elsif (defined $options->{ 'index_name' } ) {
  62     $index = $options->{ 'index_name' };
  63 }
  64
  65 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  66 $tmp_fq  = "$tmp_dir/bwa.fq";
  67 $tmp_sai = "$tmp_dir/bwa.fq.sai";
  68 $tmp_sam = "$tmp_dir/bwa.fq.sam";
  69
  70 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_fq );
  71
  72 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  73 {
  74     if ( $entry = Maasha::Fastq::biopiece2fastq( $record ) )
  75     {
  76         $entry->[ 2 ] =~ s/(.)/chr( ( ord( $1 ) - 64 ) + 33 )/ge; # convert scores from phred-64 to phred-33
  77         Maasha::Fastq::put_entry( $entry, $fh_out );
  78     }
  79
  80     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  81 }
  82
  83 close $fh_out;
  84
  85 push @args, "-t $options->{ 'cpus' }";
  86 push @args, "-R $options->{ 'max_hits' }" if $options->{ 'max_hits' };
  87
  88 $arg = join " ", @args;
  89
  90 if ( $options->{ 'verbose' } )
  91 {
  92     print STDERR qq(Running: bwa aln $arg $index $tmp_fq > $tmp_sai\n);
  93     Maasha::Common::run( "bwa", "aln $arg $index $tmp_fq > $tmp_sai" );
  94     print STDERR qq(Running: bwa samse $index $tmp_sai $tmp_fq > $tmp_sam\n);
  95     Maasha::Common::run( "bwa", "samse $index $tmp_sai $tmp_fq > $tmp_sam" )
  96 }
  97 else
  98 {
  99     Maasha::Common::run( "bwa", "aln $arg $index $tmp_fq       > $tmp_sai 2> /dev/null" );
 100     Maasha::Common::run( "bwa", "samse $index $tmp_sai $tmp_fq > $tmp_sam 2> /dev/null" );
 101 }
 102
 103 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_sam );
 104
 105 while ( $entry = Maasha::SAM::sam_entry_get( $fh_in ) )
 106 {
 107     if ( $record = Maasha::SAM::sam2biopiece( $entry ) ) {
 108         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 109     }
 110 }
 111
 112 close $fh_in;
 113
 114 unlink $tmp_fq;
 115 unlink $tmp_sai;
 116 unlink $tmp_sam;
 117
 118 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 119 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 120
 121
 122 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 123
 124
 125 BEGIN
 126 {
 127     Maasha::Biopieces::status_set();
 128 }
 129
 130
 131 END
 132 {
 133     Maasha::Biopieces::status_log();
 134 }
 135
 136
 137 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 138
 139
 140 __END__