bp_bin/bowtie_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Use bowtie to map sequences in the stream against a specified genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Fastq;
  34 use Maasha::Fasta;
  35 use Maasha::Calc;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $index, $tmp_dir, $tmp_in, $tmp_out, $fh_in, $fh_out, $record, $entry, $line, @fields, $type, $args );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'genome', short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $index = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/bowtie/$options->{ 'genome' }";
  53
  54 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  55 $tmp_in  = "$tmp_dir/bowtie.seq";
  56 $tmp_out = "$tmp_dir/bowtie.out";
  57
  58 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_in );
  59
  60 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  61 {
  62     if ( $entry = Maasha::Fastq::biopiece2fastq( $record ) )
  63     {
  64         Maasha::Common::error( "Mixed FASTA and FASTQ entries in stream" ) if defined $type and $type ne "FASTQ";
  65         Maasha::Fastq::put_entry( $entry, $fh_out );
  66
  67         $type = "FASTQ";
  68     }
  69     elsif ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  70     {
  71         Maasha::Common::error( "Mixed FASTA and FASTQ entries in stream" ) if defined $type and $type ne "FASTA";
  72         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  73
  74         $type = "FASTA";
  75     }
  76
  77     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  78 }
  79
  80 close $fh_out;
  81
  82 $args = "";
  83 $args = "-f" if $type eq "FASTA";
  84
  85 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
  86     Maasha::Common::run( "bowtie", "$args $index $tmp_in $tmp_out" );
  87 } else {
  88     Maasha::Common::run( "bowtie", "$args $index $tmp_in $tmp_out > /dev/null 2>&1" );
  89 }
  90
  91 unlink $tmp_in;
  92
  93 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_out );
  94
  95 while ( $line = <$fh_in> )
  96 {
  97     chomp $line;
  98
  99     @fields = split /\t/, $line;
 100
 101     $record = bowtie2biopiece( \@fields );
 102
 103     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 104 }
 105
 106 close $fh_out;
 107
 108 unlink $tmp_out;
 109
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 111 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 sub bowtie2biopiece
 118 {
 119     # Martin A. Hansen, July 2009
 120
 121     # Convert a bowtie entry to a Biopiece record.
 122
 123     my ( $entry,   # bowtie entry
 124        ) = @_;
 125
 126     # Returns a hash.
 127
 128     my ( $record, @scores );
 129
 130     $record->{ 'Q_ID' }     = $entry->[ 0 ];
 131     $record->{ 'STRAND' }   = $entry->[ 1 ];
 132     $record->{ 'S_ID' }     = $entry->[ 2 ];
 133     $record->{ 'S_BEG' }    = $entry->[ 3 ];
 134     $record->{ 'SEQ' }      = $entry->[ 4 ];
 135     $record->{ 'SCORES' }   = $entry->[ 5 ];
 136     $record->{ 'MISMATCH' } = $entry->[ 6 ];
 137
 138     $record->{ 'SEQ_LEN' }    = length $entry->[ 4 ];
 139     $record->{ 'S_END' }      = $record->{ 'S_BEG' } + $record->{ 'SEQ_LEN' } - 1;
 140     $record->{ 'SCORES' }     =~ s/(.)/ord( $1 ) - 33 . ";"/ge; # http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
 141     $record->{ 'SCORE_MEAN' } = sprintf( "%.2f", Maasha::Calc::mean( [ split /;/, $record->{ 'SCORES' } ] ) );
 142
 143     $record->{ 'REC_TYPE' } = "BOWTIE";
 144
 145     return wantarray ? %{ $record } : $record;
 146 }
 147
 148
 149 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 150
 151
 152 BEGIN
 153 {
 154     Maasha::Biopieces::status_set();
 155 }
 156
 157
 158 END
 159 {
 160     Maasha::Biopieces::status_log();
 161 }
 162
 163
 164 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 165
 166
 167 __END__