bp_bin/bowtie_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Use bowtie to map sequences in the stream against a specified genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Fasta;
  34 use Maasha::Calc;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $index, $tmp_dir, $tmp_in, $tmp_out, $fh_in, $fh_out, $record, $entry, $line, @fields );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'genome', short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 $index = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/bowtie/$options->{ 'genome' }";
  52
  53 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  54 $tmp_in  = "$tmp_dir/bowtie.seq";
  55 $tmp_out = "$tmp_dir/bowtie.out";
  56
  57 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_in );
  58
  59 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  60 {
  61     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  62         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  66 }
  67
  68 close $fh_out;
  69
  70 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
  71     Maasha::Common::run( "bowtie", "-f $index $tmp_in $tmp_out" );
  72 } else {
  73     Maasha::Common::run( "bowtie", "-f $index $tmp_in $tmp_out > /dev/null 2>&1" );
  74 }
  75
  76 unlink $tmp_in;
  77
  78 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_out );
  79
  80 while ( $line = <$fh_in> )
  81 {
  82     chomp $line;
  83
  84     @fields = split /\t/, $line;
  85
  86     $record = bowtie2biopiece( \@fields );
  87
  88     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  89 }
  90
  91 close $fh_out;
  92
  93 unlink $tmp_out;
  94
  95 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  96 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  97
  98
  99 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 100
 101
 102 sub bowtie2biopiece
 103 {
 104     # Martin A. Hansen, July 2009
 105
 106     # Convert a bowtie entry to a Biopiece record.
 107
 108     my ( $entry,   # bowtie entry
 109        ) = @_;
 110
 111     # Returns a hash.
 112
 113     my ( $record, @scores );
 114
 115     $record->{ 'Q_ID' }     = $entry->[ 0 ];
 116     $record->{ 'STRAND' }   = $entry->[ 1 ];
 117     $record->{ 'S_ID' }     = $entry->[ 2 ];
 118     $record->{ 'S_BEG' }    = $entry->[ 3 ];
 119     $record->{ 'SEQ' }      = $entry->[ 4 ];
 120     $record->{ 'SCORES' }   = $entry->[ 5 ];
 121     $record->{ 'MISMATCH' } = $entry->[ 6 ];
 122
 123     $record->{ 'SEQ_LEN' }  = length $entry->[ 4 ];
 124     $record->{ 'S_END' }    = $record->{ 'S_BEG' } + $record->{ 'SEQ_LEN' } - 1;
 125     $record->{ 'SCORES' }   =~ s/(.)/ord( $1 ) - 33 . ";"/ge; # http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
 126     $record->{ 'SCORE' }    = Maasha::Calc::mean( [ split /;/, $record->{ 'SCORES' } ] );
 127
 128     $record->{ 'REC_TYPE' } = "BOWTIE";
 129
 130     return wantarray ? %{ $record } : $record;
 131 }
 132
 133
 134 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 135
 136
 137 BEGIN
 138 {
 139     Maasha::Biopieces::status_set();
 140 }
 141
 142
 143 END
 144 {
 145     Maasha::Biopieces::status_log();
 146 }
 147
 148
 149 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 150
 151
 152 __END__