bp_bin/blat_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # BLAT sequences in the stream against a genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::Fasta;
  33 use Maasha::Seq;
  34 use Maasha::UCSC::PSL;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $blat_args, $genome_file, $query_file, $fh_in, $fh_out,
  41      $tmp_dir, $type, $result_file, $entry );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'genome',       short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'occ',          short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'tile_size',    short => 't', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 11,    allowed => undef, disallowed => 0 },
  48         { long => 'step_size',    short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 11,    allowed => undef, disallowed => 0 },
  49         { long => 'min_identity', short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 90,    allowed => undef, disallowed => 0 },
  50         { long => 'min_score',    short => 'M', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,     allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'one_off',      short => 'o', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,     allowed => undef, disallowed => undef },
  52     ]
  53 );
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 $genome_file = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/fasta/$options->{ 'genome' }.fna";
  59
  60 $blat_args .= " -tileSize=$options->{ 'tile_size' }";
  61 $blat_args .= " -oneOff=$options->{ 'one_off' }";
  62 $blat_args .= " -minIdentity=$options->{ 'min_identity' }";
  63 $blat_args .= " -minScore=$options->{ 'min_score' }";
  64 $blat_args .= " -stepSize=$options->{ 'step_size' }";
  65 # $blat_args .= " -ooc=" . Maasha::Config::genome_blat_ooc( $options->{ "genome" }, 11 ) if $options->{ 'ooc' };
  66
  67 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  68 $query_file = "$tmp_dir/blat.seq";
  69
  70 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $query_file );
  71
  72 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  73 {
  74     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  75     {
  76         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $type;
  77         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out, 80 );
  78     }
  79
  80     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  81 }
  82
  83 close $fh_out;
  84
  85 $blat_args .= " -t=dnax" if $type eq "protein";
  86 $blat_args .= " -q=$type";
  87
  88 $result_file = "$tmp_dir/blat.psl";
  89
  90 Maasha::Common::run( "blat", "$genome_file $query_file $blat_args $result_file > /dev/null 2>&1" );
  91
  92 unlink $query_file;
  93
  94 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_opem( $result_file );
  95
  96 while ( $entry = Maasha::UCSC::PSL::psl_entry_get( $fh_in ) )
  97 {
  98     if ( $record = Maasha::UCSC::PSL::psl2biopiece( $entry ) ) {
  99         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 100     }
 101 }
 102
 103 close  $fh_in;
 104 unlink $result_file;
 105
 106 Maasha::Filesys::dir_remove( $tmp_dir );
 107
 108 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 109 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 110
 111
 112 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 113
 114
 115 BEGIN
 116 {
 117     Maasha::Biopieces::status_set();
 118 }
 119
 120
 121 END
 122 {
 123     Maasha::Biopieces::status_log();
 124 }
 125
 126
 127 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 128
 129
 130 __END__