bp_bin/blat_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # BLAT sequences in the stream against a genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::Fasta;
  33 use Maasha::Seq;
  34 use Maasha::UCSC::PSL;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $blat_args, $genome_file, $query_file, $fh_in, $fh_out,
  41      $tmp_dir, $type, $result_file, $entry );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'genome',       short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'fast_map',     short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'occ',          short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'intron_max',   short => 'i', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 750000, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'tile_size',    short => 't', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 11,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  50         { long => 'step_size',    short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 11,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  51         { long => 'min_identity', short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 90,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  52         { long => 'min_score',    short => 'M', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,      allowed => undef, disallowed => undef },
  53         { long => 'one_off',      short => 'o', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,      allowed => undef, disallowed => undef },
  54     ]
  55 );
  56
  57 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  58 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  59
  60 $genome_file = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/fasta/$options->{ 'genome' }.fna";
  61
  62 $blat_args .= " -tileSize=$options->{ 'tile_size' }";
  63 $blat_args .= " -oneOff=$options->{ 'one_off' }";
  64 $blat_args .= " -minIdentity=$options->{ 'min_identity' }";
  65 $blat_args .= " -minScore=$options->{ 'min_score' }";
  66 $blat_args .= " -stepSize=$options->{ 'step_size' }";
  67 $blat_args .= " -maxIntron=$options->{ 'intron_max' }";
  68 $blat_args .= " -fastMap" if $options->{ 'fast_map' };
  69 # $blat_args .= " -ooc=" . Maasha::Config::genome_blat_ooc( $options->{ "genome" }, 11 ) if $options->{ 'ooc' };
  70
  71 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  72 $query_file = "$tmp_dir/blat.seq";
  73
  74 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $query_file );
  75
  76 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  77 {
  78     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  79     {
  80         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $type;
  81         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out, 80 );
  82     }
  83
  84     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  85 }
  86
  87 close $fh_out;
  88
  89 $blat_args .= " -t=dnax" if $type eq "protein";
  90 $blat_args .= " -q=$type";
  91
  92 $result_file = "$tmp_dir/blat.psl";
  93
  94 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
  95     Maasha::Common::run( "blat", "$genome_file $query_file $blat_args $result_file" );
  96 } else {
  97     Maasha::Common::run( "blat", "$genome_file $query_file $blat_args $result_file > /dev/null 2>&1" );
  98 }
  99
 100 unlink $query_file;
 101
 102 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $result_file );
 103
 104 while ( $entry = Maasha::UCSC::PSL::psl_entry_get( $fh_in ) )
 105 {
 106     if ( $record = Maasha::UCSC::PSL::psl2biopiece( $entry ) ) {
 107         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 108     }
 109 }
 110
 111 close  $fh_in;
 112 unlink $result_file;
 113
 114 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 115 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 116
 117
 118 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 119
 120
 121 BEGIN
 122 {
 123     Maasha::Biopieces::status_set();
 124 }
 125
 126
 127 END
 128 {
 129     Maasha::Biopieces::status_log();
 130 }
 131
 132
 133 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 134
 135
 136 __END__