bp_bin/blat_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # BLAT sequences in the stream against a genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Fasta;
  34 use Maasha::Seq;
  35 use Maasha::UCSC::PSL;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $record, $blat_args, $subject_file, $query_file, $fh_in, $fh_out,
  42      $tmp_dir, $type, $result_file, $entry );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'database',       short => 'd', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'genome',         short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'fast_map',       short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'occ',            short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'intron_max',     short => 'i', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 750000, allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'tile_size',      short => 't', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 11,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  52         { long => 'step_size',      short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 11,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  53         { long => 'min_identity',   short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 90,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  54         { long => 'min_score',      short => 'M', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,      allowed => undef, disallowed => undef },
  55         { long => 'one_off',        short => 'o', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,      allowed => undef, disallowed => undef },
  56         { long => 'allow_N_blocks', short => 'N', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
  57     ]
  58 );
  59
  60 Maasha::Common::error( qq(both --database and --genome specified) ) if     $options->{ "genome" } and     $options->{ "database" };
  61 Maasha::Common::error( qq(no --database or --genome specified) )    if not $options->{ "genome" } and not $options->{ "database" };
  62
  63 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  64 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  65
  66 if ( $options->{ 'database' } ) {
  67     $subject_file = $options->{ 'database' };
  68 } else {
  69     $subject_file = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/fasta/$options->{ 'genome' }.fna";
  70 }
  71
  72 $blat_args .= " -tileSize=$options->{ 'tile_size' }";
  73 $blat_args .= " -oneOff=$options->{ 'one_off' }";
  74 $blat_args .= " -minIdentity=$options->{ 'min_identity' }";
  75 $blat_args .= " -minScore=$options->{ 'min_score' }";
  76 $blat_args .= " -stepSize=$options->{ 'step_size' }";
  77 $blat_args .= " -maxIntron=$options->{ 'intron_max' }";
  78 $blat_args .= " -fastMap"        if $options->{ 'fast_map' };
  79 $blat_args .= " -extendThroughN" if $options->{ 'allow_N_blocks' };
  80 # $blat_args .= " -ooc=" . Maasha::Config::genome_blat_ooc( $options->{ "genome" }, 11 ) if $options->{ 'ooc' };
  81
  82 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  83 $query_file = "$tmp_dir/blat.seq";
  84
  85 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $query_file );
  86
  87 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  88 {
  89     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  90     {
  91         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $type;
  92         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out, 80 );
  93     }
  94
  95     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  96 }
  97
  98 close $fh_out;
  99
 100 $blat_args .= " -t=dnax" if $type eq "PROTEIN";
 101 $blat_args .= " -q=$type";
 102
 103 $result_file = "$tmp_dir/blat.psl";
 104
 105 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
 106     Maasha::Common::run( "blat", "$subject_file $query_file $blat_args $result_file" );
 107 } else {
 108     Maasha::Common::run( "blat", "$subject_file $query_file $blat_args $result_file > /dev/null 2>&1" );
 109 }
 110
 111 unlink $query_file;
 112
 113 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $result_file );
 114
 115 while ( $entry = Maasha::UCSC::PSL::psl_entry_get( $fh_in ) )
 116 {
 117     if ( $record = Maasha::UCSC::PSL::psl2biopiece( $entry ) ) {
 118         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 119     }
 120 }
 121
 122 close  $fh_in;
 123 unlink $result_file;
 124
 125 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 126 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 BEGIN
 133 {
 134     Maasha::Biopieces::status_set();
 135 }
 136
 137
 138 END
 139 {
 140     Maasha::Biopieces::status_log();
 141 }
 142
 143
 144 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 145
 146
 147 __END__