]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/blat_seq
workied on pair wise aligner
[biopieces.git] / bp_bin / blat_seq
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # BLAT sequences in the stream against a genome.
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Maasha::Biopieces;
32 use Maasha::Filesys;
33 use Maasha::Fasta;
34 use Maasha::Seq;
35 use Maasha::UCSC::PSL;
36
37
38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
39
40
41 my ( $options, $in, $out, $record, $blat_args, $subject_file, $query_file, $fh_in, $fh_out,
42      $tmp_dir, $type, $result_file, $entry );
43
44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
45     [
46         { long => 'database',       short => 'd', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
47         { long => 'genome',         short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
48         { long => 'fast_map',       short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
49         { long => 'occ',            short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
50         { long => 'intron_max',     short => 'i', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 750000, allowed => undef, disallowed => undef },
51         { long => 'tile_size',      short => 't', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 11,     allowed => undef, disallowed => 0 },
52         { long => 'step_size',      short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 11,     allowed => undef, disallowed => 0 },
53         { long => 'min_identity',   short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 90,     allowed => undef, disallowed => 0 },
54         { long => 'min_score',      short => 'M', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,      allowed => undef, disallowed => undef },
55         { long => 'one_off',        short => 'o', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 0,      allowed => undef, disallowed => undef },
56         { long => 'allow_N_blocks', short => 'N', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,  allowed => undef, disallowed => undef },
57     ]   
58 );
59
60 Maasha::Common::error( qq(both --database and --genome specified) ) if     $options->{ "genome" } and     $options->{ "database" };
61 Maasha::Common::error( qq(no --database or --genome specified) )    if not $options->{ "genome" } and not $options->{ "database" };
62
63 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
64 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
65
66 if ( $options->{ 'database' } ) {
67     $subject_file = $options->{ 'database' };
68 } else {
69     $subject_file = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/fasta/$options->{ 'genome' }.fna";
70 }
71
72 $blat_args .= " -tileSize=$options->{ 'tile_size' }";
73 $blat_args .= " -oneOff=$options->{ 'one_off' }";
74 $blat_args .= " -minIdentity=$options->{ 'min_identity' }";
75 $blat_args .= " -minScore=$options->{ 'min_score' }";
76 $blat_args .= " -stepSize=$options->{ 'step_size' }";
77 $blat_args .= " -maxIntron=$options->{ 'intron_max' }";
78 $blat_args .= " -fastMap"        if $options->{ 'fast_map' }; 
79 $blat_args .= " -extendThroughN" if $options->{ 'allow_N_blocks' }; 
80 # $blat_args .= " -ooc=" . Maasha::Config::genome_blat_ooc( $options->{ "genome" }, 11 ) if $options->{ 'ooc' };
81
82 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
83 $query_file = "$tmp_dir/blat.seq";
84
85 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $query_file );
86
87 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
88 {
89     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
90     {
91         $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ 'SEQ' } ) if not $type;
92         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out, 80 );
93     }
94
95     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
96 }
97
98 close $fh_out;
99
100 $blat_args .= " -t=dnax" if $type eq "PROTEIN";
101 $blat_args .= " -q=$type";
102
103 $result_file = "$tmp_dir/blat.psl";
104
105 if ( $options->{ 'verbose' } ) {
106     Maasha::Common::run( "blat", "$subject_file $query_file $blat_args $result_file" );
107 } else {
108     Maasha::Common::run( "blat", "$subject_file $query_file $blat_args $result_file > /dev/null 2>&1" );
109 }
110
111 unlink $query_file;
112
113 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $result_file );
114
115 while ( $entry = Maasha::UCSC::PSL::psl_entry_get( $fh_in ) )
116 {
117     if ( $record = Maasha::UCSC::PSL::psl2biopiece( $entry ) ) {
118         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
119     }
120 }
121
122 close  $fh_in;
123 unlink $result_file;
124
125 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
126 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
127
128
129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
130
131
132 BEGIN
133 {
134     Maasha::Biopieces::status_set();
135 }
136
137
138 END
139 {
140     Maasha::Biopieces::status_log();
141 }
142
143
144 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
145
146
147 __END__