bp_bin/assemble_tag_contigs

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Assemble tag contigs from overlapping BED type records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::UCSC::BED;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $tmp_dir, $bed_file, $tag_file, $fh_in, $fh_out,
  39      $cols, $record, $bed_entry, $file_hash, $chr, $strand );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'check', short => 'C', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  51
  52 $bed_file = "$tmp_dir/assemble_tag_contigs.bed";
  53 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $bed_file );
  54 $cols     = 6; # we only need the first 6 BED columns
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::biopiece2bed( $record, $cols ) )
  59     {
  60         $strand = $record->{ 'STRAND' } || '+';
  61
  62         Maasha::UCSC::BED::bed_entry_put( $bed_entry, $fh_out, $cols, $options->{ 'check' } );
  63     }
  64 }
  65
  66 close $fh_out;
  67
  68 $file_hash = Maasha::UCSC::BED::bed_file_split_on_chr( $bed_file, $tmp_dir, $cols );
  69
  70 unlink $bed_file;
  71
  72 foreach $chr ( sort keys %{ $file_hash } )
  73 {
  74     $bed_file = $file_hash->{ $chr };
  75     $tag_file = "$bed_file.tc";
  76
  77     Maasha::Common::run( "bed2tag_contigs", "< $bed_file > $tag_file" );
  78
  79     $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tag_file );
  80
  81     while ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::bed_entry_get( $fh_in, $cols, $options->{ 'check' } ) )
  82     {
  83         if ( $record = Maasha::UCSC::BED::bed2biopiece( $bed_entry ) ) {
  84             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  85         }
  86     }
  87
  88     close $fh_in;
  89
  90     unlink $bed_file;
  91     unlink $tag_file;
  92 }
  93
  94 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  95 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  96
  97
  98 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  99
 100
 101 BEGIN
 102 {
 103     Maasha::Biopieces::status_set();
 104 }
 105
 106
 107 END
 108 {
 109     Maasha::Biopieces::status_log();
 110 }
 111
 112
 113 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 114
 115
 116 __END__