bp_bin/assemble_seq_idba

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble sequences in the stream using IDBA.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'biopieces'
  32 require 'fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'name',       :short=>'n', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'directory',  :short=>'d', :type=>'dir',    :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'scaffold',   :short=>'s', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'kmer_min',   :short=>'k', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>25,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'kmer_max',   :short=>'K', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>50,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'count_min',  :short=>'c', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>2,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'cover',      :short=>'C', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>0,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'pairs_min',  :short=>'p', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>5,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'prefix_len', :short=>'P', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>3,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'clean',      :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  45
  46 bp = Biopieces.new
  47
  48 options = bp.parse(ARGV, casts)
  49
  50 Dir.mkdir(options[:directory]) unless Dir.exists?(options[:directory])
  51
  52 file_fasta = [options[:directory], options[:name] ].join(File::SEPARATOR) + ".fna"
  53
  54 Fasta.open(file_fasta, mode="w") do |fasta_io|
  55   bp.each_record do |record|
  56     fasta_io.puts record
  57   end
  58 end
  59
  60 unless File.size(file_fasta) == 0
  61   output = [options[:directory], options[:name] ].join(File::SEPARATOR)
  62
  63   commands = []
  64   commands << "nice -n 19"
  65   commands << "idba"
  66   commands << "--read #{file_fasta}"
  67   commands << "--output #{output}"
  68   commands << "--scaffold" if options[:scaffold]
  69   commands << "--mink #{options[:kmer_min]}"
  70   commands << "--maxk #{options[:kmer_max]}"
  71   commands << "--minCount #{options[:count_min]}"
  72   commands << "--cover #{options[:cover]}"
  73   commands << "--minPairs #{options[:pairs_min]}"
  74   commands << "--prefixLength #{options[:prefix_len]}"
  75   commands << "> /dev/null 2>&1" unless options[:verbose]
  76
  77   command = commands.join(" ")
  78   system(command)
  79   raise "Command failed: #{command}" unless $?.success?
  80
  81   file_contig = [options[:directory], options[:name] ].join(File::SEPARATOR) + "-contig.fa"
  82
  83   Fasta.open(file_contig, mode="r") do |fasta_io|
  84     fasta_io.each do |entry|
  85       bp.puts entry.to_bp
  86     end
  87   end
  88 end
  89
  90 FileUtils.remove_entry_secure options[:directory] if options[:clean]
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 __END__