bp_bin/assemble_seq_idba

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble sequences in the stream using IDBA.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'directory',  :short=>'d', :type=>'dir',  :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'scaffold',   :short=>'s', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'kmer_min',   :short=>'k', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>25,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'kmer_max',   :short=>'K', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>50,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'count_min',  :short=>'c', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>2,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'cover',      :short=>'C', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>0,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'pairs_min',  :short=>'p', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>5,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'prefix_len', :short=>'P', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>3,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'clean',      :short=>'X', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  44
  45 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  46
  47 Dir.mkdir(options[:directory]) unless Dir.exists?(options[:directory])
  48
  49 file_fasta = File.join(options[:directory], "IDBA") + ".fna"
  50
  51 count = 0
  52
  53 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  54         Fasta.open(file_fasta, mode="w") do |fasta_io|
  55                 input.each_record do |record|
  56       if options[:scaffold] # we need to fix the sequence name for mate-pair IDBA
  57         if record[:SEQ_NAME] =~ /1$/
  58           record[:SEQ_NAME] = "read#{count}/1"
  59         else
  60           record[:SEQ_NAME] = "read#{count}/2"
  61
  62           count += 1
  63         end
  64       end
  65
  66                         fasta_io.puts record
  67                 end
  68         end
  69
  70         unless File.size(file_fasta) == 0
  71                 prefix = File.join(options[:directory], "IDBA")
  72
  73                 commands = []
  74                 commands << "nice -n 19"
  75                 commands << "idba"
  76                 commands << "--read #{file_fasta}"
  77                 commands << "--output #{prefix}"
  78                 commands << "--scaffold" if options[:scaffold]
  79                 commands << "--mink #{options[:kmer_min]}"
  80                 commands << "--maxk #{options[:kmer_max]}"
  81                 commands << "--minCount #{options[:count_min]}"
  82                 commands << "--cover #{options[:cover]}"
  83                 commands << "--minPairs #{options[:pairs_min]}"
  84                 commands << "--prefixLength #{options[:prefix_len]}"
  85                 commands << "> /dev/null 2>&1" unless options[:verbose]
  86
  87                 command = commands.join(" ")
  88
  89                 begin
  90                         system(command)
  91                         raise "Command failed: #{command}" unless $?.success?
  92                 rescue
  93                         $stderr.puts "Command failed: #{command}"
  94                 end
  95
  96     if options[:scaffold]
  97                   file_contig = File.join(options[:directory], "IDBA") + "-contig-mate.fa"
  98     else
  99                   file_contig = File.join(options[:directory], "IDBA") + "-contig.fa"
 100     end
 101
 102                 Fasta.open(file_contig, mode="r") do |fasta_io|
 103                         fasta_io.each do |entry|
 104                                 output.puts entry.to_bp
 105                         end
 106                 end
 107         end
 108 end
 109
 110 FileUtils.remove_entry_secure file_fasta
 111 FileUtils.remove_entry_secure options[:directory] if options[:clean]
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 __END__