bp_bin/assemble_seq_idba

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Assemble sequences in the stream using IDBA.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'directory',  :short=>'d', :type=>'dir',  :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'scaffold',   :short=>'s', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'metagenome', :short=>'m', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'kmer_min',   :short=>'k', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>25,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'kmer_max',   :short=>'K', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>50,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'count_min',  :short=>'c', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>2,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'cover',      :short=>'C', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>0,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'pairs_min',  :short=>'p', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>5,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'prefix_len', :short=>'P', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>3,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'clean',      :short=>'X', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 Dir.mkdir(options[:directory]) unless Dir.exists?(options[:directory])
  49
  50 file_fasta = File.join(options[:directory], "IDBA") + ".fna"
  51
  52 count = 0
  53
  54 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  55         Fasta.open(file_fasta, mode="w") do |fasta_io|
  56                 input.each_record do |record|
  57       if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  58         seq = Seq.new_bp(record)
  59
  60         if options[:scaffold] # we need to fix the sequence name for mate-pair IDBA
  61           if seq.seq_name =~ /1$/
  62             seq.seq_name = "read#{count}/1"
  63           else
  64             seq.seq_name = "read#{count}/2"
  65
  66             count += 1
  67           end
  68         end
  69
  70         fasta_io.puts seq.to_fasta
  71       end
  72                 end
  73         end
  74
  75         unless File.size(file_fasta) == 0
  76                 prefix = File.join(options[:directory], "IDBA")
  77
  78                 commands = []
  79                 commands << "nice -n 19"
  80
  81     if options[:metagenome]
  82                   commands << "metaidba"
  83     else
  84                   commands << "idba"
  85     end
  86
  87                 commands << "--read #{file_fasta}"
  88                 commands << "--output #{prefix}"
  89                 commands << "--scaffold" if options[:scaffold]
  90                 commands << "--mink #{options[:kmer_min]}"
  91                 commands << "--maxk #{options[:kmer_max]}"
  92                 commands << "--minCount #{options[:count_min]}"
  93                 commands << "--cover #{options[:cover]}"
  94                 commands << "--minPairs #{options[:pairs_min]}"
  95                 commands << "--prefixLength #{options[:prefix_len]}"
  96                 commands << "> /dev/null 2>&1" unless options[:verbose]
  97
  98                 command = commands.join(" ")
  99
 100                 begin
 101                         system(command)
 102                         raise "Command failed: #{command}" unless $?.success?
 103                 rescue
 104                         $stderr.puts "Command failed: #{command}"
 105                 end
 106
 107     if options[:scaffold]
 108                   file_contig = File.join(options[:directory], "IDBA") + "-contig-mate.fa"
 109     else
 110                   file_contig = File.join(options[:directory], "IDBA") + "-contig.fa"
 111     end
 112
 113                 Fasta.open(file_contig, mode="r") do |fasta_io|
 114                         fasta_io.each do |entry|
 115                                 output.puts entry.to_bp
 116                         end
 117                 end
 118         end
 119 end
 120
 121 FileUtils.remove_entry_secure file_fasta
 122 FileUtils.remove_entry_secure options[:directory] if options[:clean]
 123
 124
 125 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 126
 127
 128 __END__