bp_bin/analyze_bed

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Analyze BED entries in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::UCSC;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  43
  44 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  45 {
  46     $record = Maasha::UCSC::bed_analyze( $record ) if $record->{ "REC_TYPE" } eq "BED";
  47
  48     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  49 }
  50
  51
  52 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  53
  54
  55 BEGIN
  56 {
  57     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  58
  59     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  60 }
  61
  62
  63 END
  64 {
  65     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  66     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  67
  68     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  69
  70     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  71 }
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 __END__
  78