bp_bin/analyze_assembly

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Analyze assembled sequences in the stream and output stats.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38
  39 bp = Biopieces.new
  40
  41 options = bp.parse(ARGV, casts)
  42
  43 total   = 0
  44 lengths = []
  45
  46 bp.each_record do |record|
  47   bp.puts record unless options[:no_stream]
  48
  49   if record.has_key? :SEQ
  50     total   += record[:SEQ].length
  51     lengths << record[:SEQ].length
  52   end
  53 end
  54
  55 count = 0
  56 n50   = 0
  57
  58 lengths.sort.reverse.each do |length|
  59   count += length
  60
  61   if count >= total * 0.50
  62     n50 = length
  63     break
  64   end
  65 end
  66
  67 bp.out = Stream.write(options[:data_out]) if options[:data_out]
  68
  69 new_record = {}
  70 new_record[:N50]   = n50
  71 new_record[:MAX]   = lengths.max
  72 new_record[:MIN]   = lengths.min
  73 new_record[:MEAN]  = (total.to_f / lengths.size.to_f).to_i
  74 new_record[:TOTAL] = total
  75 new_record[:COUNT] = lengths.size
  76
  77 bp.puts new_record
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 __END__