bp_bin/align_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Align sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Align;
  32
  33 use constant {
  34     SEQ_NAME => 0,
  35     SEQ      => 1,
  36 };
  37
  38
  39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  40
  41
  42 my ( $options, $in, $out, $record, @entries, $entry );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } ) {
  52         push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  53     } elsif ( $record->{ "Q_ID" } and $record->{ "SEQ" } ) {
  54         push @entries, [ $record->{ "Q_ID" }, $record->{ "SEQ" } ];
  55     } else {
  56         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57     }
  58 }
  59
  60 @entries = Maasha::Align::align( \@entries );
  61
  62 foreach $entry ( @entries )
  63 {
  64     if ( $entry->[ SEQ_NAME ] and $entry->[ SEQ ] )
  65     {
  66         $record = {
  67             SEQ_NAME => $entry->[ SEQ_NAME ],
  68             SEQ      => $entry->[ SEQ ],
  69             SEQ_LEN  => length $entry->[ SEQ ],
  70         };
  71
  72         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  73     }
  74 }
  75
  76 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  77 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  78
  79
  80 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  81
  82
  83 BEGIN
  84 {
  85     Maasha::Biopieces::status_set();
  86 }
  87
  88
  89 END
  90 {
  91     Maasha::Biopieces::status_log();
  92 }
  93
  94
  95 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  96
  97
  98 __END__