bp_bin/align_pair_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Align sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::AlignTwoSeq;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $count, $record, @records );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  43
  44 $count = 0;
  45
  46 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  47 {
  48     if ( defined $record->{ "SEQ" } and $count < 2 )
  49     {
  50         push @records, $record;
  51
  52         $count++;
  53
  54         if ( $count == 2 )
  55         {
  56             $records[ 0 ]->{ 'SEQ' } = lc $records[ 0 ]->{ 'SEQ' };
  57             $records[ 1 ]->{ 'SEQ' } = lc $records[ 1 ]->{ 'SEQ' };
  58
  59             my $matches = Maasha::AlignTwoSeq::align_two_seq( \$records[ 0 ]->{ 'SEQ' } ,\$records[ 1 ]->{ 'SEQ' } );
  60
  61             Maasha::AlignTwoSeq::insert_indels( $matches, \$records[ 0 ]->{ 'SEQ' } ,\$records[ 1 ]->{ 'SEQ' } );
  62
  63             map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @records;
  64         }
  65     }
  66     else
  67     {
  68         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69     }
  70 }
  71
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  73 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 BEGIN
  80 {
  81     Maasha::Biopieces::status_set();
  82 }
  83
  84
  85 END
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_log();
  88 }
  89
  90
  91 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  92
  93
  94 __END__