]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/align_pair_seq
fixed qual scores in sam.rb
[biopieces.git] / bp_bin / align_pair_seq
1 #!/usr/bin/env ruby
2
3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
22
23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
24
25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
26
27 # Find similar sequences between query sequences from the stream and a database.
28
29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
30
31 require 'pp'
32 require 'maasha/biopieces'
33 require 'maasha/align'
34
35 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
36
37 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
38   entries = []
39
40   input.each_record do |record|
41     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
42       entries << Seq.new_bp(record)
43
44       if entries.size == 2
45         Align.pair(entries[0], entries[1])
46
47         entries.each do |entry|
48           output.puts entry.to_bp
49         end
50
51         entries = []
52       end
53     else
54       output.puts record
55     end
56   end
57 end
58
59 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
60
61
62 __END__