bp_bin/add_ident

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Add a unique identifier to each record in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, $key, $prefix, $i );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'key',    short => 'k', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'ID', allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'prefix', short => 'p', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'ID', allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 $key    = $options->{ "key" };
  49 $prefix = $options->{ "prefix" };
  50
  51 $i = 0;
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  54 {
  55     $record->{ $key } = sprintf( "$prefix%08d", $i );
  56
  57     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  58
  59     $i++;
  60 }
  61
  62 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  63 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  64
  65
  66 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  67
  68
  69 BEGIN
  70 {
  71     Maasha::Biopieces::status_set();
  72 }
  73
  74
  75 END
  76 {
  77     Maasha::Biopieces::status_log();
  78 }
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 __END__