bp_bin/BGB_upload

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write Biopiece records to the Biopieces Genome browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::KISS;
  34 use Maasha::Biopieces;
  35 use Maasha::Fasta;
  36 use Maasha::BGB::Common;
  37 use Maasha::Filesys;
  38
  39 use constant {
  40     SEQ_NAME => 0,
  41     SEQ      => 1,
  42 };
  43
  44
  45 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  46
  47
  48 my ( $data_dir, $user, $options, $path, $in, $out, $tmp_dir, %fh_hash, $fh_out, $record, $entry, $key, $dst_dir, @nums, $num, $contig_dir );
  49
  50 $data_dir = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_DATA_DIR" );
  51 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_USER" );
  52
  53 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  54     [
  55         { long => 'user',       short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  56         { long => 'clade',      short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  57         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  58         { long => 'assembly',   short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  59         { long => 'track_name', short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  60         { long => 'force',      short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  61         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  62     ]
  63 );
  64
  65 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  66 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  67
  68 if ( $options->{ 'track_name' } )
  69 {
  70     $options->{ 'track_name' } =~ tr/ /_/;
  71
  72     $path = join "/", $data_dir, "Users", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' };
  73
  74     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
  75
  76     $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  77
  78     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  79     {
  80         if ( $entry = Maasha::KISS::biopiece2kiss( $record ) )
  81         {
  82             $entry->{ 'S_ID' } = ( split / /, $entry->{ 'S_ID' } )[ 0 ];
  83
  84             if ( not exists $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } } ) {
  85                 $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } } = Maasha::Filesys::file_write_open( "$tmp_dir/$entry->{ 'S_ID' }" );
  86             }
  87
  88             $fh_out = $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } };
  89
  90             Maasha::KISS::kiss_entry_put( $entry, $fh_out );
  91         }
  92
  93         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  94     }
  95
  96     $num = Maasha::BGB::Common::max_track( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' } );
  97     $num = sprintf( "%04d", $num + 10 );
  98
  99     foreach $key ( keys %fh_hash )
 100     {
 101         close $fh_hash{ $key };
 102
 103         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$key" );
 104         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dst_dir/Tracks" );
 105
 106         $dst_dir = "$dst_dir/$num" . "_$options->{ 'track_name' }";
 107
 108         Maasha::Filesys::dir_create( $dst_dir );
 109
 110         Maasha::Filesys::file_copy( "$tmp_dir/$key", "$dst_dir/track_data.kiss" );
 111
 112         Maasha::KISS::kiss_sort( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 113         Maasha::KISS::kiss_index( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 114
 115         unlink "$tmp_dir/$key";
 116     }
 117 }
 118 else
 119 {
 120     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' };
 121
 122     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
 123
 124     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$path/$options->{ 'genome' }" );
 125     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$options->{ 'assembly' }" );
 126
 127     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 128     {
 129         if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
 130         {
 131             $entry->[ SEQ_NAME ] = ( split " ", $entry->[ SEQ_NAME ] )[ 0 ];
 132
 133             if ( $options->{ 'force' } ) {
 134                 Maasha::Filesys::dir_remove( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 135             }
 136
 137             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 138             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$contig_dir/Sequence" );
 139
 140             $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$contig_dir/sequence.txt" );
 141             print $fh_out $entry->[ SEQ ];
 142             close $fh_out;
 143         }
 144     }
 145 }
 146
 147 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 148 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 149
 150
 151 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 152
 153
 154 BEGIN
 155 {
 156     Maasha::Biopieces::status_set();
 157 }
 158
 159
 160 END
 161 {
 162     Maasha::Biopieces::status_log();
 163 }
 164
 165
 166 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 167
 168
 169 __END__