bp_bin/BGB_upload

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write Biopiece records to the Biopieces Genome browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::KISS;
  34 use Maasha::Biopieces;
  35 use Maasha::Fasta;
  36 use Maasha::BGB::Common;
  37 use Maasha::Filesys;
  38
  39 use constant {
  40     SEQ_NAME => 0,
  41     SEQ      => 1,
  42
  43     S_ID     => 0,
  44 };
  45
  46
  47 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  48
  49
  50 my ( $data_dir, $user, $options, $path, $in, $out, $tmp_dir, %fh_hash, $fh_out, $record, $entry, $key, $dst_dir, @nums, $num, $contig_dir );
  51
  52 $data_dir = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_DATA_DIR" );
  53 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_USER" );
  54
  55 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  56     [
  57         { long => 'user',       short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  58         { long => 'clade',      short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  59         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  60         { long => 'assembly',   short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  61         { long => 'track_name', short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  62         { long => 'force',      short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  63         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  64     ]
  65 );
  66
  67 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  68 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  69
  70 if ( $options->{ 'track_name' } )
  71 {
  72     $options->{ 'track_name' } =~ tr/ /_/;
  73
  74     $path = join "/", $data_dir, "Users", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' };
  75
  76     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
  77
  78     $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  79
  80     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  81     {
  82         if ( $entry = Maasha::KISS::biopiece2kiss( $record ) )
  83         {
  84             $entry->[ S_ID ] = ( split / /, $entry->[ S_ID ] )[ 0 ];
  85
  86             if ( not exists $fh_hash{ $entry->[ S_ID ] } ) {
  87                 $fh_hash{ $entry->[ S_ID ] } = Maasha::Filesys::file_write_open( "$tmp_dir/$entry->[ S_ID ]" );
  88             }
  89
  90             $fh_out = $fh_hash{ $entry->[ S_ID ] };
  91
  92             Maasha::KISS::kiss_entry_put( $entry, $fh_out );
  93         }
  94
  95         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  96     }
  97
  98     $num = Maasha::BGB::Common::max_track( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' } );
  99     $num = sprintf( "%04d", $num + 10 );
 100
 101     foreach $key ( keys %fh_hash )
 102     {
 103         close $fh_hash{ $key };
 104
 105         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$key" );
 106         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dst_dir/Tracks" );
 107
 108         $dst_dir = "$dst_dir/$num" . "_$options->{ 'track_name' }";
 109
 110         Maasha::Filesys::dir_create( $dst_dir );
 111
 112         Maasha::Filesys::file_copy( "$tmp_dir/$key", "$dst_dir/track_data.kiss" );
 113
 114         Maasha::KISS::kiss_sort( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 115         Maasha::KISS::kiss_index( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 116
 117         unlink "$tmp_dir/$key";
 118     }
 119 }
 120 else
 121 {
 122     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' };
 123
 124     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
 125
 126     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$options->{ 'genome' }" );
 127     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$options->{ 'assembly' }" );
 128
 129     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 130     {
 131         if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
 132         {
 133             $entry->[ SEQ_NAME ] = ( split " ", $entry->[ SEQ_NAME ] )[ 0 ];
 134
 135             if ( $options->{ 'force' } ) {
 136                 Maasha::Filesys::dir_remove( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 137             }
 138
 139             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 140             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$contig_dir/Sequence" );
 141
 142             $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$contig_dir/sequence.txt" );
 143             print $fh_out $entry->[ SEQ ];
 144             close $fh_out;
 145         }
 146     }
 147 }
 148
 149 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 150 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 151
 152
 153 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 154
 155
 156 BEGIN
 157 {
 158     Maasha::Biopieces::status_set();
 159 }
 160
 161
 162 END
 163 {
 164     Maasha::Biopieces::status_log();
 165 }
 166
 167
 168 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 169
 170
 171 __END__