bp_bin/BGB_upload

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write Biopiece records to the KISS Genome browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::KISS;
  34 use Maasha::Biopieces;
  35 use Maasha::Fasta;
  36 use Maasha::Filesys;
  37
  38 use constant {
  39     SEQ_NAME => 0,
  40     SEQ      => 1,
  41 };
  42
  43
  44 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  45
  46
  47 my ( $data_dir, $user, $options, $path, $in, $out, $tmp_dir, %fh_hash, $fh_out, $record, $entry, $key, @dirs, $dir, $dst_dir, @nums, $num, $contig_dir );
  48
  49 $data_dir = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "KISS_DATA_DIR" );
  50 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "KISS_USER" );
  51
  52 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  53     [
  54         { long => 'user',       short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  55         { long => 'clade',      short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  56         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  57         { long => 'assembly',   short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  58         { long => 'track_name', short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  59         { long => 'force',      short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  60         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  61     ]
  62 );
  63
  64 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  65 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  66
  67 if ( $options->{ 'track_name' } )
  68 {
  69     $options->{ 'track_name' } =~ tr/ /_/;
  70
  71     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' };
  72
  73     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
  74
  75     $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  76
  77     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  78     {
  79         if ( $entry = Maasha::KISS::biopiece2kiss( $record ) )
  80         {
  81             $entry->{ 'S_ID' } = ( split / /, $entry->{ 'S_ID' } )[ 0 ];
  82
  83             if ( not exists $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } } ) {
  84                 $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } } = Maasha::Filesys::file_write_open( "$tmp_dir/$entry->{ 'S_ID' }" );
  85             }
  86
  87             $fh_out = $fh_hash{ $entry->{ 'S_ID' } };
  88
  89             Maasha::KISS::kiss_entry_put( $entry, $fh_out );
  90         }
  91
  92         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  93     }
  94
  95     foreach $key ( keys %fh_hash )
  96     {
  97         close $fh_hash{ $key };
  98
  99         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$key" );
 100         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dst_dir/Tracks" );
 101
 102         @dirs = Maasha::Filesys::ls_dirs( $dst_dir );
 103
 104         foreach $dir ( @dirs )
 105         {
 106             $dir = ( split "/", $dir )[ -1 ];
 107
 108             if ( $dir =~ /^(\d+)/ ) {
 109                 push @nums, $1;
 110             }
 111         }
 112
 113         @nums = sort { $a <=> $b } @nums;
 114
 115         $num = $nums[ -1 ] || 0;
 116
 117         $num += 10;
 118
 119         $dst_dir = "$dst_dir/$num" . "_$options->{ 'track_name' }";
 120
 121         Maasha::Filesys::dir_create( $dst_dir );
 122
 123         Maasha::Filesys::file_copy( "$tmp_dir/$key", "$dst_dir/track_data.kiss" );
 124
 125         Maasha::KISS::kiss_sort( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 126         Maasha::KISS::kiss_index( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 127
 128         unlink "$tmp_dir/$key";
 129     }
 130 }
 131 else
 132 {
 133     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' };
 134
 135     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
 136
 137     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$path/$options->{ 'genome' }" );
 138     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$options->{ 'assembly' }" );
 139
 140     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 141     {
 142         if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
 143         {
 144             $entry->[ SEQ_NAME ] = ( split " ", $entry->[ SEQ_NAME ] )[ 0 ];
 145
 146             if ( $options->{ 'force' } ) {
 147                 Maasha::Filesys::dir_remove( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 148             }
 149
 150             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 151             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$contig_dir/Sequence" );
 152
 153             $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$contig_dir/sequence.txt" );
 154             print $fh_out $entry->[ SEQ ];
 155             close $fh_out;
 156         }
 157     }
 158 }
 159
 160 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 161 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 162
 163
 164 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 165
 166
 167 BEGIN
 168 {
 169     Maasha::Biopieces::status_set();
 170 }
 171
 172
 173 END
 174 {
 175     Maasha::Biopieces::status_log();
 176 }
 177
 178
 179 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 180
 181
 182 __END__