bcftools/bcfutils.c

   1 #include "bcf.h"
   2 #include "khash.h"
   3 KHASH_MAP_INIT_STR(str2id, int)
   4
   5 void *bcf_build_refhash(bcf_hdr_t *h)
   6 {
   7         khash_t(str2id) *hash;
   8         int i, ret;
   9         hash = kh_init(str2id);
  10         for (i = 0; i < h->n_ref; ++i) {
  11                 khint_t k;
  12                 k = kh_put(str2id, hash, h->ns[i], &ret); // FIXME: check ret
  13                 kh_val(hash, k) = i;
  14         }
  15         return hash;
  16 }
  17
  18 void *bcf_str2id_init()
  19 {
  20         return kh_init(str2id);
  21 }
  22
  23 void bcf_str2id_destroy(void *_hash)
  24 {
  25         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  26         if (hash) kh_destroy(str2id, hash); // Note that strings are not freed.
  27 }
  28
  29 int bcf_str2id(void *_hash, const char *str)
  30 {
  31         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  32         khint_t k;
  33         if (!hash) return -1;
  34         k = kh_get(str2id, hash, str);
  35         return k == kh_end(hash)? -1 : kh_val(hash, k);
  36 }
  37
  38 int bcf_str2id_add(void *_hash, const char *str)
  39 {
  40         khint_t k;
  41         int ret;
  42         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  43         if (!hash) return -1;
  44         k = kh_put(str2id, hash, str, &ret);
  45         if (ret == 0) return kh_val(hash, k);
  46         kh_val(hash, k) = kh_size(hash) - 1;
  47         return kh_val(hash, k);
  48 }