bamtools_merge.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_merge.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Merges multiple BAM files into one.
   9 //
  10 // ** Provide selectable region? eg chr2:10000..20000
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #ifndef BAMTOOLS_MERGE_H
  15 #define BAMTOOLS_MERGE_H
  16
  17 #include <iostream>
  18 #include <string>
  19 #include <vector>
  20
  21 #include "BamMultiReader.h"
  22 #include "BamWriter.h"
  23 // #include "GetOpt.h"
  24 #include "bamtools_getopt.h"
  25
  26 namespace BamTools {
  27
  28 int BamMergeHelp(void) {
  29     std::cerr << std::endl;
  30     std::cerr << "usage:\tbamtools merge [--out FILE] --in <BAM file1> [BAM file2] [BAM file3]..." << std::endl;
  31     std::cerr << "\t--in\tInput BAM file(s)\t\t[at least 1 req'd]" << std::endl;
  32     std::cerr << "\t--out\tDestination for merge results\t[default=stdout]" << std::endl;
  33     std::cerr << std::endl;
  34     return 0;
  35 }
  36
  37 int RunBamMerge(int argc, char* argv[]) {
  38
  39     // only 'bamtool merge', show help
  40     if ( argc == 2 ) return BamMergeHelp();
  41
  42     // else parse command line for args
  43     GetOpt options(argc, argv, 1);
  44
  45     std::string outputFilename = "";
  46     options.addOption('o', "out", &outputFilename);
  47
  48     std::vector<std::string> inputFilenames;
  49     options.addVariableLengthOption("in", &inputFilenames);
  50
  51     if ( !options.parse() || inputFilenames.empty() ) return BamMergeHelp();
  52     if ( outputFilename.empty() ) { outputFilename = "stdout"; }
  53
  54     // opens the BAM files without checking for indexes
  55     BamMultiReader reader;
  56     reader.Open(inputFilenames, false);
  57
  58     // retrieve header & reference dictionary info
  59     std::string mergedHeader = reader.GetHeaderText();
  60     RefVector references = reader.GetReferenceData();
  61
  62     // open BamWriter
  63     BamWriter writer;
  64     writer.Open(outputFilename, mergedHeader, references);
  65
  66     // store alignments to output file
  67     BamAlignment bAlignment;
  68     while (reader.GetNextAlignment(bAlignment)) {
  69         writer.SaveAlignment(bAlignment);
  70     }
  71
  72     // clean & exit
  73     reader.Close();
  74     writer.Close();
  75     return 0;
  76 }
  77
  78 } // namespace BamTools
  79
  80 #endif // BAMTOOLS_MERGE_H