bamtools_header.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_header.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Prints the SAM-style header from a single BAM file (or merged header from
   9 // multiple BAM files) to stdout.
  10 // ***************************************************************************
  11
  12 #ifndef BAMTOOLS_HEADER_H
  13 #define BAMTOOLS_HEADER_H
  14
  15 #include <iostream>
  16 #include <string>
  17 #include <vector>
  18
  19 #include "BamReader.h"
  20 #include "BamMultiReader.h"
  21 // #include "GetOpt.h"
  22 #include "bamtools_getopt.h"
  23
  24 namespace BamTools {
  25
  26 int BamHeaderHelp(void) {
  27     std::cerr << std::endl;
  28     std::cerr << "usage:\tbamtools header [--in FILE [FILE] [FILE] ...]" << std::endl;
  29     std::cerr << std::endl;
  30     std::cerr << "\t--in FILE  Input file(s) to dump header contents from  [stdin]" << std::endl;
  31     std::cerr << std::endl;
  32     return 0;
  33 }
  34
  35 int RunBamHeader(int argc, char* argv[]) {
  36
  37     // else parse command line for args
  38     GetOpt options(argc, argv, 1);
  39
  40     std::vector<std::string> inputFilenames;
  41     options.addVariableLengthOption("in", &inputFilenames);
  42
  43     if ( !options.parse() ) return BamHeaderHelp();
  44     if ( inputFilenames.empty() ) { inputFilenames.push_back("stdin"); }
  45
  46     // open files
  47     BamMultiReader reader;
  48     reader.Open(inputFilenames, false);
  49
  50     // dump header contents to stdout
  51     std::cout << reader.GetHeaderText() << std::endl;
  52
  53     // clean up & exit
  54     reader.Close();
  55     return 0;
  56 }
  57
  58 } // namespace BamTools
  59
  60 #endif // BAMTOOLS_HEADER_H