bamtools_fasta.h

   1 #ifndef BAMTOOLS_FASTA_H
   2 #define BAMTOOLS_FASTA_H
   3
   4 #include <string>
   5
   6 namespace BamTools {
   7
   8 class Fasta {
   9
  10     // ctor & dtor
  11     public:
  12         Fasta(void);
  13         ~Fasta(void);
  14
  15     // file-handling methods
  16     public:
  17         bool Close(void);
  18         bool Open(const std::string& filename, const std::string& indexFilename = "");
  19
  20     // sequence access methods
  21     public:
  22         bool GetBase(const int& refID, const int& position, char& base);
  23         bool GetSequence(const int& refId, const int& start, const int& stop, std::string& sequence);
  24
  25     // index-handling methods
  26     public:
  27         bool CreateIndex(const std::string& indexFilename);
  28
  29     // internal implementation
  30     private:
  31         struct FastaPrivate;
  32         FastaPrivate* d;
  33 };
  34
  35 } // BAMTOOLS_FASTA_H
  36
  37 #endif // BAMTOOLS_FASTA_H