bamtools_coverage.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_coverage.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Prints coverage statistics for a single BAM file
   9 //
  10 // ** Expand to multiple??
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #ifndef BAMTOOLS_COVERAGE_H
  15 #define BAMTOOLS_COVERAGE_H
  16
  17 #include <iostream>
  18 #include <string>
  19
  20 #include "BamReader.h"
  21 #include "bamtools_getopt.h"
  22
  23 namespace BamTools {
  24
  25 int BamCoverageHelp(void) {
  26     std::cerr << std::endl;
  27     std::cerr << "usage:\tbamtools coverage [--in BAM file]" << std::endl;
  28     std::cerr << "\t-i, --in\tInput BAM file to generate coverage stats\t[default=stdin]" << std::endl;
  29     std::cerr << std::endl;
  30     return 0;
  31 }
  32
  33 int RunBamCoverage(int argc, char* argv[]) {
  34
  35     // else parse command line for args
  36     GetOpt options(argc, argv, 1);
  37
  38     std::string inputFilename;
  39     options.addOption('i', "in", &inputFilename);
  40
  41     if ( !options.parse() ) return BamCoverageHelp();
  42     if ( inputFilename.empty() ) { inputFilename = "stdin"; }
  43
  44 //     // open our BAM reader
  45 //     BamReader reader;
  46 //     reader.Open(inputFilename);
  47
  48     // generate coverage stats
  49     std::cerr << "Generating coverage stats for " << inputFilename << std::endl;
  50     std::cerr << "FEATURE NOT YET IMPLEMENTED!" << std::endl;
  51
  52     // clean & exit
  53 //     reader.Close();
  54     return 0;
  55 }
  56
  57 } // namespace BamTools
  58
  59 #endif // BAMTOOLS_COVERAGE_H