bamtools_coverage.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_coverage.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Prints coverage statistics for a single BAM file
   9 //
  10 // ** Expand to multiple??
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #ifndef BAMTOOLS_COVERAGE_H
  15 #define BAMTOOLS_COVERAGE_H
  16
  17 #include <iostream>
  18 #include <string>
  19
  20 #include "BamReader.h"
  21 #include "bamtools_getopt.h"
  22
  23 namespace BamTools {
  24
  25 int BamCoverageHelp(void) {
  26     std::cerr << std::endl;
  27     std::cerr << "usage:\tbamtools coverage [--in FILE]" << std::endl;
  28     std::cerr << std::endl;
  29     std::cerr << "\t--in FILE  Input BAM file to generate coverage stats  [stdin]" << std::endl;
  30     std::cerr << std::endl;
  31     return 0;
  32 }
  33
  34 int RunBamCoverage(int argc, char* argv[]) {
  35
  36     // else parse command line for args
  37     GetOpt options(argc, argv, 1);
  38
  39     std::string inputFilename;
  40     options.addOption("in", &inputFilename);
  41
  42     if ( !options.parse() ) return BamCoverageHelp();
  43     if ( inputFilename.empty() ) { inputFilename = "stdin"; }
  44
  45 //     // open our BAM reader
  46 //     BamReader reader;
  47 //     reader.Open(inputFilename);
  48
  49     // generate coverage stats
  50     std::cerr << "Generating coverage stats for " << inputFilename << std::endl;
  51     std::cerr << "FEATURE NOT YET IMPLEMENTED!" << std::endl;
  52
  53     // clean & exit
  54 //     reader.Close();
  55     return 0;
  56 }
  57
  58 } // namespace BamTools
  59
  60 #endif // BAMTOOLS_COVERAGE_H