bamtools_count.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_count.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 2 June 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Prints alignment count for BAM file
   9 //
  10 // ** Expand to multiple??
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <string>
  16 #include <vector>
  17
  18 #include "bamtools_count.h"
  19 #include "bamtools_options.h"
  20 #include "bamtools_utilities.h"
  21 #include "BamReader.h"
  22
  23 using namespace std;
  24 using namespace BamTools;
  25
  26 // ---------------------------------------------
  27 // CountSettings implementation
  28
  29 struct CountTool::CountSettings {
  30
  31     // flags
  32     bool HasInputBamFilename;
  33     bool HasRegion;
  34
  35     // filenames
  36     std::string InputBamFilename;
  37     std::string Region;
  38
  39     // constructor
  40     CountSettings(void)
  41         : HasInputBamFilename(false)
  42         , HasRegion(false)
  43         , InputBamFilename(Options::StandardIn())
  44     { }
  45 };
  46
  47 // ---------------------------------------------
  48 // CountTool implementation
  49
  50 CountTool::CountTool(void)
  51     : AbstractTool()
  52     , m_settings(new CountSettings)
  53 {
  54     // set program details
  55     Options::SetProgramInfo("bamtools count", "prints alignment counts for a BAM file", "-in <filename> ");
  56
  57     // set up options
  58     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  59     Options::AddValueOption("-in", "BAM filename", "the input BAM file", "", m_settings->HasInputBamFilename, m_settings->InputBamFilename, IO_Opts, Options::StandardIn());
  60
  61     OptionGroup* FilterOpts = Options::CreateOptionGroup("Filters");
  62     Options::AddValueOption("-region", "REGION", "genomic region. See README for more details", "", m_settings->HasRegion, m_settings->Region, FilterOpts);
  63 }
  64
  65 CountTool::~CountTool(void) {
  66     delete m_settings;
  67     m_settings = 0;
  68 }
  69
  70 int CountTool::Help(void) {
  71     Options::DisplayHelp();
  72     return 0;
  73 }
  74
  75 int CountTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  76
  77     // parse command line arguments
  78     Options::Parse(argc, argv, 1);
  79
  80     //open our BAM reader
  81 //     BamReader reader;
  82 //     reader.Open(m_settings.InputBamFilename);
  83
  84     // count alignments
  85     string startChrom;
  86     string stopChrom;
  87     int startPos;
  88     int stopPos;
  89
  90     if ( !m_settings->HasRegion ) {
  91         cerr << "Counting all alignments " << endl;
  92     } else {
  93         if ( Utilities::ParseRegionString(m_settings->Region, startChrom, startPos, stopChrom, stopPos) ) {
  94             cerr << "Counting only alignments in region " << m_settings->Region << endl;
  95             cerr << "StartChrom: " << startChrom << endl;
  96             cerr << "StartPos:   " << startPos << endl;
  97             cerr << "StopChrom:  " << stopChrom << endl;
  98             cerr << "StopPos:    " << stopPos << endl;
  99         }
 100     }
 101
 102     cerr << " from " << m_settings->InputBamFilename << endl;
 103     cerr << "FEATURE NOT YET IMPLEMENTED!" << endl;
 104
 105     // clean & exit
 106 //     reader.Close();
 107     return 0;
 108 }